A gyökérkezelést egy röntgenfelvétel elkészítésével kezdjük. A felvétel segítségével tájékozódhatunk a gyökércsatornák számáról, azok lefutásáról, alakjáról.

A beavatkozás minden esetben helyi érzéstelenítésben történik.

Az egy gyökércsatornával rendelkező fogaknál a kezelés egy ülésben elvégezhető (metsző- és szemfogak többsége), míg a több csatornásoknál (kis- és nagyőrlők) több ülésben végezzük a beavatkozást.

A folyamat első lépése a gyökércsatornák feltárása megkeresése, illetve feltágítása, majd ezt követi a befejező lépés a feltágított csatornák megtömése speciális gyökértömőanyaggal.

Az első lépés tehát a szuvas rész eltávolítása. Azt a megfelelő üreg kialakítása követi és végül a pulpakamra megnyitása. Megkeressük a gyökércsatornák bemeneti nyílásait, majd speciális műszer segítségével eltávolítjuk a bennük elhelyezkedő pulpát /ereket, idegeket/. A következő lépés a gyökércsatornák hosszának meghatározása, majd következik a gyökércsatorna fertőtlenítése, tisztítása majd tágítása. Minden egyes lépés között a csatornát fertőtlenítőoldattal mossuk át, eltávolítva a csatornában rekedt törmeléket, és tovább csökkentve az ott lévő baktériumok számát. Ha a fennálló gyulladást megszüntettük, és megfelelőek a feltételek, a csatorna szárítását a hermetikusan záró gyökértömés követi.

Még a jól sikerült gyökértömés után is néhány napig fájdalom jelentkezhet,  vagy egy ideig ráharapásra még érzékeny maradhat a fog, hiszen a gyökércsúcs körüli terület gyulladása nem szűnik meg egyik pillanatról a másikra. A vékony vagy nagy felületen tömött fogakat a gyökérkezelés után érdemes koronával beborítva megvédeni, mert gyökérkezelés után a fogak élettelenek (keringésük megszűnt), így idővel törékennyé válnak.